Milanič se v Ljudski vrt vrača tretjič. Maribor je vodil med letoma 2008 in 2013 ter nato še med letoma 2016 in 2020. V obeh obdobjih je z njim tesno sodeloval tudi Zahovič, ki je bil takrat športni direktor kluba.
Trener iz Izole je z Mariborom osvojil šest naslovov državnega prvaka, štiri pokalne lovorike in dva superpokala. Pod njegovim vodstvom so se vijoličasti dvakrat uvrstili v skupinski del evropske lige, v sezoni 2017/18 pa še v skupinski del lige prvakov.
Na klopi Maribora je doslej sedel na 444 tekmah. Njegov izkupiček obsega 243 zmag, 117 neodločenih izidov in 84 porazov.
Trenersko pot je začel pri Gorici in Primorju, pozneje pa je deloval tudi v tujini. Vodil je avstrijski Sturm Gradec, angleški Leeds, Slovan iz Bratislave ter ciprska kluba Pafos in Anorthosis. Nazadnje je deloval pri klubu Baniyas iz Združenih arabskih emiratov, od katerega se je poslovil leta 2024.
Uspešno kariero je imel tudi kot nogometaš. Poleg Izole je igral za Partizan in Sturm Gradec. Za slovensko reprezentanco je zbral 42 nastopov, nekaj časa nosil kapetanski trak, leta 2000 pa nastopil tudi na evropskem prvenstvu v Belgiji in na Nizozemskem.